清太宗皇太极时，逐渐把对内的工作做好之后，开始针对蒙古地方做工作。天聪九年(1635)，后金兵攻打察哈尔部，林丹汗之子额哲率领部属投降。多尔衮将鄂尔多斯部落移到黄河河套地区，编为四十八个佐领，由土默特部首领阿鲁科尔沁贝勒驻守。
崇德元年(1636)，马喇希等三路蒙古王公先后向清朝进贡，表示臣服。崇德三年(1638)，科尔沁部奥巴贝勒之子吴克善、阿鲁科尔沁贝勒宰桑罗布藏齐和巴林部达尔汉贝勒之子巴噶巴图尔等来朝。顺治三年(1646)，内蒙古各部封建上层分子在多伦诺尔举行会盟，正式接受清朝的领导。
内蒙古各部的归顺，使清朝完成了对漠南蒙古的统一。此后，清廷对各部首领的进封，以及按照民族传统习俗进行赏赐，进一步加强了蒙古王公和清中央政府的政治隶属关系。内蒙古一词起初是泛指漠南蒙古各旗所辖的地区，至雍正年间始专指以河套为界的漠南中西部广大地区。
